Yo también trabajo con los MDT descargados del CNIG formato asc.. y no me da problemas dicha operación. Solo se me ocurre que pueda estar el error en el sistema de coordenadas.
Pongo los pasos que creo que siguiendo no debería haber problema.
Establezco sistema de coordenadas para el proyecto: ETRS 89 / UTM zone 31 (o 30 según zona) EPSG: 25831 (o 25830)
Al cargar el MDT descargado, pregunta que sistema de coordenadas adopta, por defecto al haber establecido uno para el proyecto deberá poner el mismo, el mencionado anteriormente (yo evito el WGS 84).
Ya dirás si con este sistema de coordenadas has podido hacer la operación, saludos.