Pasar de coordenadas WGS84 a ETRS89

Hola, tengo un problema desde hace tiempo que no consigo solucionar, la cuestión es que algunas capas se descargan directamente con coordenadas WGS84 y otras en ETRS89, coincidiendo perfectamente entre ellas, por lo que acostumbro a trabajar así. El problema es cuando intento realizar alguna operación en la que intervengan capas con las distintas coordenadas, me salta error.
Al cambiar cualquiera de las dos coordenadas a la otra se me desplaza la capa (mucho) y cambia el tamaño (muchísimo), lo que me gustaría es que me cambiara las coordenadas establecidas para dicha capa pero respetando la representación actual tal cual está.
Trabajo normalmente con ETRS89.
No sé si es posible, aparentemente parece sencillo pero no encuentro la manera, muchas gracias!