ETIQUETADO

Primera opción que tengas el polígono duplicado, quizás uno dañado que a la hora de etiquetar le falten atributos y no se etiquete y encima se solape al bueno, cuando pasa esto a veces sale, a veces no.. por eso al hacer zoom a veces se ve.. comprueba seleccionando el polígono entero en modo edición arrastrando el ratón y mira en la tabla de atributos cuantos hay seleccionados, en caso de haber dos tendrás que eliminar el malo.

Si no es eso, igual en el apartado de representación de etiquetas, hay alguna condición por defecto, del estilo solo etiquetar si la etiqueta cabe en el polígono, o no etiquetar si hay otra etiqueta un poquito encima..
Si ves que no hay problema de esto, ya que ese polígono no está en un extremo del conjunto de polígonos, es de igual tamaño que otros etiquetados, no tiene otro cerca que lo tape.. podrás probar etiquetando con EasyCustomLabeling, así igual se etiqueta bien al poder mover tu las etiquetas y tal..

Ya dirás si te ha servido algo, saludos

Buen día, mi problema es que estoy creando un atlas de conflictos ambientales, en Colombia, por regla el etiquetado de los rios deben ir en dirección del rio hacia su desembocadura, tengo algunas etiquetas que estan en sentido contrario, no he logrado organizarlas, agradeceria si conocen como solucionar este tema por medio de algun plugin o configuración.

Muchas gracias.

IvanR9723, si no entiendo mal lo que quieres decir, pretendes invertir la línea para que al etiquetar los pk del río salgan en sentido contrario.
Si es así, hay una herramienta que sencillamente invierte la línea creando una nueva con inicio y fin al revés:

Caja de herramientas de procesos –> Geometría vectorial –> Invertir dirección de línea
(aunque según entiendo yo, pse a llamarse así la herramienta lo que invierte es el sentido de la línea, la dirección sería la misma aunque coloquialmente usemos mal la palabra dirección):
0_________1_________2_________3_________4_________5

5_________4_________3_________2_________1_________0

Me enrollo mucho jejej, ya dirás si has podido solucionar.