No se si entiendo muy bien lo que quieres decir..
Tienes polígonos que quieres, y a su vez en la misma capa polígonos que están unidos» a estos y que al seleccionar uno de los que no quieres se te selecciona uno o más de los que quieres por lo que no puedes eliminarlos¿?.
Un par de procesos que igual te sirven:
vectorial –> geoproceso –> multiparte a monoparte. Con esta herramienta te divide en polígonos diferentes todos posibles de la misma capa, por lo que podrás eliminarlos luego por separado.
En digitalización avanzada (igual para acceder más facil: ver –> barra de herramientas –> digitalización avanzada), ahí tienes con dibujitos diferentes herramientas que igual te sirven:
-Dividir objetos espaciales: Hace dos entidades diferenciadas de un polígono uniforme. (dibujando línea de división)
-Dividir partes: Divide el polígono pero sigue perteneciendo a la misma entidad.
-Borrar parte: Elimina una parte de un polígono dividido.