Problemas al guardar un shp de una unión de tablas en Qgis 3.6

Hola, cuando hago una unión de tablas (cuadrículas 10*10 y presencia de una especie) e intento guardar como un shape ya al final de todo, no me salen las cuadrículas que había unido, me salen todas seleccionadas. En versiones anteriores sí que me salía bien y no me daba ningún problema. Muchas gracias por vuestra ayuda.