Hola, yo crearía un buffer de cada Comunidad Autónoma, teniendo así un shp de la superficie de la CA con un margen por cada límite para cortar el raster y que no se vea justo en el límite.
(vectorial-> herramientas de geoproceso-> buffer de distancia fija), ahí le das los metros que quieras que tenga de más por cada límite.
Pero según entiendo en lo que dices, creo que la herramienta es la siguiente, y si tienes un shp con todas Comunidades Autónomas con hacer una vez la operación te realizará los rectángulos de todas CA (chequeando la opción).
(vectorial ->herramientas de investigación ->polígono de la extensión de la capa)
Ya dirás si es lo que buscabas, un saludo.